Um das prioridades iniciais, era prover um serviço de saúde para aproximadamente 500 habitantes do Jauaperí. Até então o único serviço provido era a visita ocasional de um barco da saúde governamental, mas, uma epidemia de malária fez uma presença mais permanente do serviço de saúde vital. Antes da chegada da Associação as pessoas da Amazonia estavam morrendo de malária no Jauaperí. Em 1995 a Associação construiu um posto de saúde e começou um projeto para combater a malária de acordo com o FNS do Amazonas, o Istituto Italo-Latino Americano em Roma, a Universidade de Siena e o ASL 9 de Grosseto.
Na Itália um Enfermeiro profissional foi treinado e trazido ao Jauaperí. Durante os anos seguintes ele lutou contra a epidemia de malária e a doença foi erradicada na região em fevereiro 98. Em setembro 2000,casos novos começaram a aparecer ,com isto, o Enfermeiro italiano retornou para treinar um Enfermeiro brasileiro que agora trabalha a tempo integral para à Associação Amazonia.
Ao mesmo tempo foram feitos esforços para combater outros graves problemas, como, o de parasitas intestinais que ocorriam periodicamente, para este, a construção de sanitários. E o da proteção dental afrontado com um programa de exercício de higiene oral e visitas regulares de dentistas voluntários, aos habitantes do rio.
Em março de 2003 começará uma campanha geral para eliminar os parasitas intestinais.