O transporte representa o problema principal para quase todos os habitantes das regiões interiores do Amazonas, já que as distâncias são vastas e poucos ou quase nenhum deles têem recursos para a importante despesa de comprar um barco.
O contacto com o mundo exterior é um vestígio do período da exploração da borracha por meio do qual as pessoas do local eram mantidas em um estado de semi-escravidão. Os Comerciantes do rio ( " regatão " ) viajam pelas vias fluviais da Amazonia comprando os produtos locais a preços inacreditavelmente baixos e pagando com artigos de luxo como café, leite em pó, açúcar, arroz e feijão.
Para melhorar esta situação a Associação Amazonia comprou o seu próprio barco, o Certeza, com a ajuda da Guardie Ecologiche de Modena, Itália, e o Kleinwort Trust, do Reino Unido.
O Certeza começou, imediatamente, a transportar, para a cidade, os produtos das pessoas locais e também elas quando necessitam de atenção medica.
Em 2002 a situação foi melhorada mais ainda com a compra de dois novos barcos, para transportar o pessoal de Samauma e São Pedro, graças à ajuda financeira do Sindicato dos Trabalhadores da Regiao Lombardia ( CGIL ).
Com a entrega destes barcos para à comunidade, de um modo geral, já se evitou varias mortes ,pois, as pessoas que sofrem de enfermidades graves, como, tuberculose e malária, também de situações de partos enteronpidos , chegaram a tempo no hospital para receber os cuidados médicos, após as instruções do Enfermeiro do Juaperí. Eles também foram usados para o transporte dos produtos agrícolas para Manaus, estes não tiveram o risco do apodrecimento por esperar a chegada de um regatão, e obtiveram assim preços consideravelmente mais altos.
Outros habitantes da reserva construíram e equiparam os seus próprios barcos. É a caminho um projeto, consciente, que provera um barco de alta velocidade para que o Enfermeiro do Jauperí possa visitar as comunidades ao longo do rio.